La cottura è la parte più delicata della preparazione dei bignè: il forno dev’essere a 190° per permettere alla pasta di gonfiarsi bene e non afflosciarsi una volta sottratta al calore. In cucina vengono utilizzati anche per preparare numerosi piatti salati caldi o freddi, da servire come antipasti o piccoli spuntini: in questo caso la pasta viene arricchita con sale, pepe e formaggio grattuggiato. In pasticceria i bignè possono essere aromatizzati con scorza di limone grattuggiata e zucchero in piccole quantità. I bignè dolci si usano ad esempio per assemblare i profiterole o il croquembouche, entrambi di forma piramidale. In francese la pasta per bignè è detta pâte a choux, perché una volta cotta assomiglia molto ai cavoletti di Bruxelles (chou).